燃料電池スタックの過熱を防止するための冷却システム。セルを直接冷却しているため、冷却水に電気が流れる。そのため、冷却液を通じて漏電しないよう、導電率を低くする工夫がされた専用のクーラントが設定される。導電率を低くするには、着色剤、苦味剤、防錆剤等の添加剤は含ませることができないため、無色・無味になる。そのため、その他の手法の誤飲対策が必要になる。
また、経年使用中に増加するイオン成分を吸着するためイオン交換器を必要とする。
構成：
電動ウォーターポンプ、ラジエーター、イオン交換器(フィルター)、冷却水制御バルブ（3 方弁）、専用クーラント
□電動ウォーターポンプ
構成：遠心ポンプ、モーター
□イオン交換器(フィルター)
燃料電池の冷却システムの配管部品等から溶出した金属イオンやフッ素イオンなどは、燃料電池の性能低下を招く。
イオン交換性のある高分子電解質からなる網目状のフィルター樹脂。樹脂の表面だけでなく内部にも入り込ませイオンを吸着して除去する。
構成：ケース、フィルターカートリッジ
□冷却水制御バルブ（3 方弁）
構成：3方弁（コントローラー）、ギア、ステッピングモーター
